Zhruba dva měsíce se zasedání vlády točila téměř výhradně kolem epidemie koronaviru. Místo pravidelných pondělních jednání zasedala téměř každodenně, od poloviny března pak ministři tři měsíce jednali prostřednictvím videokonferencí. V rámci koronavirových opatření omezila svobodu pohybu, uzavřela velkou část obchodů, zakázala nabízení služeb, pořádání hromadných akcí nebo uzavřela školy. Nevyhnula se přitom problémům, když většinu těchto nařízení přeměnila na mimořádná opatření ministerstva zdravotnictví podle zákona o ochraně veřejného zdraví.
Kabinet hnutí ANO a ČSSD vyhlásil nouzový stav kvůli epidemii 12. března na 30 dnů, další dvojí prodloužení musela schválit Poslanecká sněmovna. Vláda měla pokaždé jinou představu než opozice. Dolní komora zprvu odsouhlasila termín 30. dubna, konečný termín byl 17. května. Premiér Andrej Babiš (ANO) sice původně dal najevo, že by po konci dubna už nouzový stav pokračovat nemusel, k dalšímu prodloužení ale přispělo rozhodnutí soudu o zrušení některých opatření vydaných ministerstvem zdravotnictví. Nouzový stav tak nakonec trval 66 dnů.
Soud zrušil s účinností od 27. dubna opatření ministerstva zdravotnictví, která omezila volný pohyb a maloobchod. Kabinet je tak vrátil do požadované podoby krizových opatření, stejně jako opatření týkající se škol. Po konci nouzového stavu zbylá opatření, týkající se například nošení roušek, provozu škol, stravovacích a ubytovacích služeb či o omezení konání hromadných akcí, vycházela znovu z mimořádných opatření resortu zdravotnictví.
Velkou debatu vyvolalo také rozhodnutí kabinetu zakázat vycestování obyvatel ČR do ciziny. Například členové nejpočetnějšího senátorského klubu STAN připravovali návrh, aby Ústavní soud nařízení zrušil. Nakonec ale senátoři stížnost nedokončili, neboť vláda omezení zrušila koncem dubna.
Na začátku epidemie vláda byla kritizována za to, že Česká republika trpěla nedostatkem roušek a dalších ochranných prostředků. Od 20. března mělo ministerstvo vnitra zajištěné letecké dodávky z Číny. Od začátku nákazy resort koupil prostředky za 4,6 miliardy korun, ministerstvo zdravotnictví do skončení nouzového stavu nakoupilo pomůcky za 2,34 miliardy. Vláda v polovině května oznámila, že prostřednictvím Správy státních hmotných rezerv (SSHR) nakoupí do strategických zásob pro další možnou krizi miliony ochranných zdravotnických pomůcek za 3,7 miliardy.
Po překlenutí období s nejvyššími nárůsty pozitivně testovaných lidí vláda začala postupně opatření rušit, zároveň musela intenzivněji řešit ekonomické dopady epidemie. Například osobám samostatně výdělečně činným přiřkla maximální příspěvek 25.000 korun, tedy 500 korun denně od 12. března do 8. června. Zástupci obcí a krajů ale kritizovali, že vyplácení bonusu připraví samosprávy o příjmy z daní, jejichž výnosy se rozdělují mezi státní rozpočet a právě obce a kraje. Sněmovna proto v červnu schválila návrh, podle kterého obce dostanou od státu příspěvek 1200 korun na obyvatele jako kompenzaci.
Dalším programem na podporu ekonomiky je takzvaný Antivirus, z něhož se vyplácejí dva druhy příspěvků. Podnik může získat 80 procent náhrady mzdy lidí v karanténě či z uzavřených provozů do 39.000 korun superhrubé mzdy. Při omezení výroby a služeb kvůli výpadku surovin, pracovníků či poptávky je to 60 procent náhrady do 29.000 korun superhrubé mzdy. Ministerstvo průmyslu připravilo záruční programy COVID, které ale podle kritiků znamenaly pro žadatele velkou administrativní zátěž.
Celková přijatá opatření na podporu ekonomiky činila podle červnových dat ministerstva financí zhruba 1,15 bilionu korun, tedy 20,8 procenta hrubého domácího produktu. Někteří ekonomové vyčíslenou podporu kritizují nebo zpochybňují.
V návaznosti na epidemii koronaviru vláda třikrát požádala Sněmovnu o navýšení deficitu letošního státního rozpočtu. Původní schodek schválený loni v prosinci měl být 40 miliard korun, dolní komora jej navýšila na 200, 300 a naposled ve středu na 500 miliard korun.
Opozice se stavěla k okamžité reakci vlády na počátek koronavirové epidemie a přijatým opatřením poměrně vstřícně. Postupně kabinetu ale vyčítala například netransparentnost některých kroků i dat, nedostatečný plán pro další vývoj epidemie nebo již zmíněné nákupy ochranných prostředků, do kterých podle opozičních stran vláda nedostatečně zapojovala české podniky.
„Vláda v době koronaviru následně zhoršovala chaos. Opakovaně jsme ji například vyzývali, ať představí veřejnosti jasný plán boje proti epidemii a možné scénáře vývoje. Nestalo se tak. Vláda nedostatečně komunikovala s občany, odmítala sdílet informace i podrobná data. O ty se dokonce odmítla podělit i s vědci, kteří přitom žádali jen jejich anonymizovanou formu, aby mohli pomoct Česku v době bezprecedentní krize,“ napsal ČTK šéf Pirátů Ivan Bartoš.
Komunikace vlády byla liknavá i podle předsedkyně TOP 09 Markéty Pekarové Adamové. „Ještě hůře hodnotíme fakt, že se vláda postavila zády k lidem, kteří museli ze dne na den zavřít své živnosti. Na pomoc ekonomice vláda slíbila 1190 miliard korun ze státního rozpočtu. Jaká je ovšem realita? K dnešnímu dni vyplatila pouze 100 miliard korun. Pomoc lidem byla zdlouhavá a na řadu programů dosáhla jen hrstka vyvolených. Například pouhý den před začátkem programu COVID II se žadatelé dozvěděli, že tento program se nevztahuje na podnikatele sídlící v Praze,“ sdělila ČTK.